jvarkit

SamRetrieveSeqAndQual

I have a query-sorted BAM file without read/qual sequences and a FASTQ file with the read/qual sequences. Is there a tool to add seq to BAM? for @sjackman https://twitter.com/sjackman/status/575368165531611136

Usage

Usage: samretrieveseqandqual [options] Files
  Options:
    --bamcompression
      Compression Level.
      Default: 5
    -h, --help
      print help and exit
    --helpFormat
      What kind of help. One of [usage,markdown,xml].
    -o, --output
      Output file. Optional . Default: stdout
    --samoutputformat
      Sam output format.
      Default: SAM
      Possible Values: [BAM, SAM, CRAM]
    --version
      print version and exit
  * -F
       (fastq / fastqF) required
  * -R
       (fastq / fastqR) required

Compilation

Requirements / Dependencies

• java compiler SDK 11. Please check that this java is in the ${PATH}. Setting JAVA_HOME is not enough : (e.g: https://github.com/lindenb/jvarkit/issues/23 )

Download and Compile

$ git clone "https://github.com/lindenb/jvarkit.git"
$ cd jvarkit
$ ./gradlew samretrieveseqandqual

The java jar file will be installed in the dist directory.

Source code

https://github.com/lindenb/jvarkit/tree/master/src/main/java/com/github/lindenb/jvarkit/tools/misc/SamRetrieveSeqAndQual.java

Contribute

• Issue Tracker: http://github.com/lindenb/jvarkit/issues
• Source Code: http://github.com/lindenb/jvarkit

License

The project is licensed under the MIT license.

Citing

Should you cite samretrieveseqandqual ? https://github.com/mr-c/shouldacite/blob/master/should-I-cite-this-software.md

The current reference is:

http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1425030

Lindenbaum, Pierre (2015): JVarkit: java-based utilities for Bioinformatics. figshare. http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1425030

Example

$ curl -sL "https://gist.githubusercontent.com/sjackman/789dea10bce31995cf55/raw/fb75d181976884fc424d8b2a80c77de3961e11bb/reads.sam" |\
   java -jar dist/samretrieveseqandqual.jar \
      -F <(curl -sL "https://gist.githubusercontent.com/sjackman/789dea10bce31995cf55/raw/5d93962e83e9401d4bda6de889151092d54e77fc/reads.fq")

@HD	VN:1.4	SO:unsorted
@SQ	SN:0	LN:1000
@PG	ID:0	PN:SamRetrieveSeqAndQual	VN:bfc4fe33e562e58d17b8b7048a9ab76f797a8f29	CL:-F /dev/fd/63
1	0	0	81	255	75M	*	0	0	TTTGCTGCCTAAGGCGGAATGACAGCGAAATGCGCAGAGCTTAACTTATTGATGTGTTGCCGTGATAGGTGGTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
2	0	0	492	255	75M	*	0	0	GTCTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTCCGCTACCGCGAGTATACAAACCGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
3	0	0	846	255	75M	*	0	0	AGCTCCTGAGAACGGCTCTTCTCGAGCGTGGCATTGATAACGTTTCACGTTATGCAATTGGCTACAGCCAGTTCG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
4	0	0	471	255	75M	*	0	0	GCGGAACACGCGAGGAGGACGGGGCTGAAATTCAAGTGGAGTACTCTAGTAGACTAGGAGCGTCGCTGTCTAGTT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
5	0	0	846	255	75M	*	0	0	AGCTGCTGAGAACGGCTCTTCTCGAGCGAGGCATTGATAACGTTTCACGTTATCCAATTGGCTACAGCCAGTTCG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
6	0	0	437	255	75M	*	0	0	GTTCGTTAGATCCCTGAAGGAGTAATAATTGGGTAACTAGACAGCGACGCTCCTAGTCTACTAGAGTACTCCACT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
7	0	0	468	255	75M	*	0	0	GGTAACTAGACAGCGACGCTCCTAGTCTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
8	0	0	492	255	75M	*	0	0	GCGGTTTGTATACTCGCGGTAGCGGAACACGCTAGGAGGACGGGGCTGAAATTAAAGTGGAGTACTCTAGTAGAC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
9	0	0	114	255	75M	*	0	0	GCAGAGCTTAACTTATTGATGTGTTGCCGTGATAGGTGGTGTCTATGCTTCATTGACTCGCACCGAGGAGTTAGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
10	0	0	429	255	75M	*	0	0	ACTCTAGTAGACAAGGAGCGTCGCTGACTAGTTACCCAATTATTACTCCTTCAGGGATCAAACGAACCGCAAATT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
11	0	0	593	255	75M	*	0	0	TACCCCAGGCGTCCAATGTTGCTAGTCCCGGACCCGAGCTGCCAGATGCAGCGTTCTAAGTTCTCGACACCTCTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
12	0	0	869	255	75M	*	0	0	TAACGTGAAACGTTATCAATGCCACGCTCGAGAAGAGCCGTTCTCAGGAGCTGCGCTTGTGCCTCTATCCAAAGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
13	0	0	818	255	75M	*	0	0	AGCCTTTAATAGGCAGGTCCAGGGACACCGAACTGGCTGTAGCCAATTGGATAACGTGAAACGTTATCAATGCCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
14	0	0	103	255	75M	*	0	0	GGTGCGAGTCAATGAAGCATAGACCCCACCTATCACGGCAACACATCAATAAGTTAAGCTCTGCGCATTTCGCTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
15	0	0	211	255	75M	*	0	0	GAATATCGACGTCTGGCCCCCTTCGGGCGATCTATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
16	0	0	240	255	75M	*	0	0	GGTGCCCTAAACACTTACACCGGAGCCCGTGGGTGTCTTGACCTTCGACGACATTGCCACTCTCTTCAACTCGAT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
17	0	0	230	255	75M	*	0	0	CCTTCGGGCGATCTATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGCTCCGGTGTAAGTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
18	0	0	240	255	75M	*	0	0	ATCTATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGCTCCGGTGTAAGTGTTTAGGGCACC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
19	0	0	834	255	75M	*	0	0	CGGCTCTTCTCGAGCGTGGCATTGATAACGTTTCACGTTATCCAATTGGGTACAGCCAGTTCGGTGTCCCTGGAC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
20	0	0	76	255	75M	*	0	0	ATGATTTTGCTGCCTATGGCGGAATGACAGCGAAATGCGCAGAGCTTAACTTATTGATGTGTTGCCGTGATAGGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
21	0	0	806	255	75M	*	0	0	CATTAGCATGGAAGCCTTTAATAGGCAGGTCCAGGGACACCGAACTGGCTGTAGCCAATTGGATAACGTGAAACG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
22	0	0	327	255	75M	*	0	0	GCTTAGGGACACTTTCCGCGTAGAAGTAAGCTATTCTGGCTATTCCCCTTTGTAGCACGCTCGATTCAAGCCTCG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
23	0	0	622	255	75M	*	0	0	AGAGCAAGTTAATGGCCAGCTTAAAGAAGCAGAGGTGTCGAGAACTTAGAACGCTGCATCTGGCAGCTCGGGTCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
24	0	0	365	255	75M	*	0	0	AACCGCAAATTTTTGGGAGCGCGTTTTGTCTTCTGTTCGCTTAGGGACACTTTCCGAGTAGAAGTAAGCTATTCT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
25	0	0	795	255	75M	*	0	0	GGACTCAATGCCATTAGCATGGAAGCCTTTAATAGGCAGGTCCAGGGACACCGAACTGGCTGTAGCCAATTGGAT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
26	0	0	839	255	75M	*	0	0	GAGAACGGCTCTTCTCGAGCGTGGCATTGATAACGTTTCACGTTATCCAATTGGCTACAGCCAGTTCGGTGTCCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
27	0	0	653	255	75M	*	0	0	TAGCAAAACCGTCGCGCCCCCAGTTGATAGTAGAGCAAGTTAATGGCCAGCTTAAAGAAGCAGAGGTGTCGAGAA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
28	0	0	404	255	75M	*	0	0	GTCAAGTTACCCAATTATTACTCCTTCAGGGATCAAACGAACCGCAAATTTTTGGGTGCGCGTTTTGTCTTCTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
29	0	0	724	255	75M	*	0	0	GTCCTGAGATTAGAATACAGCCATGTGCTTATGCCATATAAGTATCCGTGTTCGCATAACGATGGCCGTCTTAGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
30	0	0	628	255	75M	*	0	0	GAGCTGCCAGATGCAGCGTTCTAAGTTCTCGACACCACTGCTTCTTTAAGCTGGCCATTAACTTGCTCTACTATC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
31	0	0	580	255	75M	*	0	0	AACTTAGAACGCTGCATCTGGCAGCTCGGGTCCGGTACTAGCAACATTGGACGCCTGGGGTAACAAGGGCATCTT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
32	0	0	506	255	75M	*	0	0	TCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTCCGCTACCGCGAGTATACAAACCGCTAGGCAGAATTATA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
33	0	0	450	255	75M	*	0	0	CTGAAGGAGTAATAATTGGGTAACTAGACAGCGACGCTCCTAGTCTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
34	0	0	788	255	75M	*	0	0	AATCTCAGGACTCAATGCCATTAGCATGGAAGCCTTTAATAGGCAGGTCCAGGGACACCGAACTGGCTGTAGCCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
35	0	0	470	255	75M	*	0	0	CGGAACACGCGAGGAGGACGGGGCTGAAATTAAAGTGGAGTACTCTAGTAGACTAGGAGCGTCGCTGTCTAGTTA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
36	0	0	487	255	75M	*	0	0	TTGTATACTCGCGGTAGCGGAACACGCGAGGAGGACGGGGCTGAAATTAAAGTTGAGTACTCTAGTAGACTAGGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
37	0	0	2	255	75M	*	0	0	TACAATGGAGGTATCGCCCGCCACGATCATAGGGACTGTTATTAGAGGTAACGCTGTCCAAGGCGGCAGCACATC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
38	0	0	594	255	75M	*	0	0	GCAGAGGTGTCGAGAACTTAGAACGCTGGATCTGGCAGCTCGGGTCCGGGCCTAGCAACATTGGACGCCAGGGGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
39	0	0	674	255	75M	*	0	0	TTCGCATAACGATGGCCGTCTTAGGAAAACCGTCGCGCCCCCAGTTGATAGTAGAGCAAGTTAATGGCCAGCTTA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
40	0	0	344	255	75M	*	0	0	GTGCTACAAAGGGGAATAGCCAGAATAGCTTACTTCTACTCGGAAAGTGTCCCTAAGCGAACAGAAGACAAAACG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
41	0	0	699	255	75M	*	0	0	TATCAACTTGGGGCGCGACGGTTTTGCTAAGACGGCCATCGTTATGCGAACAGGGATACTAATATGGCATAAGCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
42	0	0	814	255	75M	*	0	0	ATTGATAACGTTTCACGTTATCCAATTGGCTACAGCCAGTTCGGTGTCCCTGGACCTGCCTATTAAAGGCTTCCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
43	0	0	329	255	75M	*	0	0	AGGCTTGAATCGAGCGTGCTACAAAGGGGAATAGCCAGAATAGCTTACTTCTACTCGGAAAGTGTCCCTAAGCGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
44	0	0	702	255	75M	*	0	0	ATGTGCTTATGCCATATTAGTCTCCGTGTTCGCATAACGATGGCCGTCTTAGCAAAACCGTCGCGCCCCCAGTTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
45	0	0	916	255	75M	*	0	0	CGTTCGACCGGTAAAGCTAGACTTACTTTTATAATATTTGTACCAGAGCTTTGGATAGAGGCACAAGCGCAGCTC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
46	0	0	157	255	75M	*	0	0	TATGCTTCATTGACTCGCACCGAGGAGTTAGCATAATGTGGCACAGCACTAGCAGAATATCGACGTCTGGCCCCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
47	0	0	277	255	75M	*	0	0	TGTAGCACGCTCGATTCAAGCCTCGTTCATCACTGCGGGTGCCCTAAACACTTACACCGGAGCCCGTGGGTGTCT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
48	0	0	383	255	75M	*	0	0	TGGGCAAGTGTCCCTAAGCGAACAGAAGACAAAACGCGCACCCAAACATTTGCGGTTCGTTTGATCCCTGAAGGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
49	0	0	429	255	75M	*	0	0	ACTCTAGTAGACTAGGAGCGTCGCTGTCTAGTTACCCAATTATTACTCCTTCAGGGATCAAACGAACCGCAAATT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
50	0	0	519	255	75M	*	0	0	AACAAGGGCATCTTATAATTCTGCCTAGCGGTTTGTATACTCGCGGTAGCGGAACACGCGAGGAGGACGGGGCTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
51	0	0	764	255	75M	*	0	0	TGGACCTGCCTATTAAAGGCTTCCATGCTAATGGCATTGAGTCCTGAGATTAGAATACAGCCATGTGCTTATGCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
52	0	0	51	255	75M	*	0	0	GTTAAGCTCTGCGCATTTCGCTGTCATTCCGCCATAGGCAGCAAAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCCACGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
53	0	0	44	255	75M	*	0	0	TCTGCGCATTTCGCTGTCATACCGCCATAGGCAGCAAAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCCACGATCATAGG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
54	0	0	775	255	75M	*	0	0	ATGGCTGTATTCTAATCTCAGGACTCAATGCCATTAGCATGGAAGCCTTTAATAGGCAGGTCCAGGGACACCGAA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
55	0	0	465	255	75M	*	0	0	CACGCGAGGAGGACGGGGCTGAAATTAAAGTGGAGTACTCTAGTAGACTAGGAGCGTCGCTGTCTAGTTACCCAA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
56	0	0	749	255	75M	*	0	0	AAGGCTTCCATGCTAATGGCATTGAGTCCTGAGATTAGAATACAGCCATGTGCTTATGCCATATTAGTATCCGTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
57	0	0	355	255	75M	*	0	0	TTTTGGGTGCGCGTTTTGTCTTCTGTTCGCTTAGGGACACTTTCCGAGTAGAAGTAAGCTATTCTGGCTATTCCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
58	0	0	225	255	75M	*	0	0	GGCCCCCTTCGGGCGATCTATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGGTCCGGTGTA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
59	0	0	879	255	75M	*	0	0	TTGTACCAGAGCTTTGGATAGAGGCACAAGCGCAGCTCCTGAGAACGGCTCTTCTCGAGCGTGGCATTGATAACG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
60	0	0	41	255	75M	*	0	0	GCGCATTTCGCTGTCATTCCGCCATAGGCAGCAAAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCCACGATCATAGGGAC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
61	0	0	801	255	75M	*	0	0	CACGTTATCCCATTGGCTACAGCCAGTTCGGTGTCCCTGGACCTGCCTATTAAAGGCTTCCATGCTAATGGCATT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
62	0	0	558	255	75M	*	0	0	AGCTCGGGTCCGGGACTAGCAACATTGGACGCCTGGGGTAACAAGGGCATCTTATAATTCTGCCTAGCGGTTTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
63	0	0	541	255	75M	*	0	0	TCCGCTACCGCGAGTATACAAACCGCTAGGCAGAATTATAAGATGCCCTTGTTACCCCAGGCGTCCAATGTTGCT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
64	0	0	34	255	75M	*	0	0	TCGCTGTCATTCCGCCATAGGCAGCAAAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCGACGATCATAGGGACTGTTATT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
65	0	0	471	255	75M	*	0	0	AACTAGACAGCGACGCTCCTATTGTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTCCGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
66	0	0	610	255	75M	*	0	0	TGGCCAGCTTAAAGAAGCAGAGGTGTCGAGAACTTAGAACGCTGCATCTGGCAGCTCGGGTCCGGGACTAGCAAC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
67	0	0	479	255	75M	*	0	0	AGCGACGCTCCTAGTCTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTCCGCTACCGCGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
68	0	0	244	255	75M	*	0	0	ATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGCTCCGGTGTAAGTGTTTAGGGCACCCGCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
69	0	0	224	255	75M	*	0	0	TGGCCCCCTTCGGGCGATCTATTTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGCTCCGGTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
70	0	0	376	255	75M	*	0	0	CTTCTACTCGGAAAGTGTCCCTAAGCGAACAGAAGACAAAACGCGCACCCAAAAATTTGCGGTTCGTTTGATCCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
71	0	0	503	255	75M	*	0	0	AATTCTGCCTAGCGGTTTGTATACTCGCGGTAGCGGAACACGCGAGGAGGACGGGGCTGAAATTAAAGTGGAGTA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
72	0	0	481	255	75M	*	0	0	CGACGCTCCTAGTCTACTAGAGTACTCCACTTTAATTTCAGCCCCGTCCTCCTCGCGTGTTCCGCTACCGCGAGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
73	0	0	154	255	75M	*	0	0	GTCTATGCTTCATTGACTCGCACCGAGGAGTTAGCAGAATGTGCCACATCACTAGCAGAATATCGACGTCTGGCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
74	0	0	912	255	75M	*	0	0	TCAGGAGCTGGGCTTGTGCCTCTATCCAAAGCTCTGGTACAAATATTATAAAAGTAAGTGTAGCTTTACCGGTGG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
75	0	0	177	255	75M	*	0	0	CGAGGAGTTAGCAGAATGTGCCACAGCACTAGCAGAATATCGACGTCTGGCCCCCTTCGGGCGATCTATTTGAAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
76	0	0	875	255	75M	*	0	0	ACCAGAGCTTTGGATAGAGGCACAAGCGCAGCTCCTGAGAACGGCTCTTCTCGAGCGTGGCATTGATAACGTTTC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
77	0	0	663	255	75M	*	0	0	ATGGCCGTCTTAGCAAAACCGTCGCGCCCCCAGTTGATAGTAGAGCAAGTTAATGGCCAGCTTAAAGAAGCAGAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
78	0	0	733	255	75M	*	0	0	TGGCATTGAGTCCTGAGATTAGAATACAGCCATGTGCTTATGCCATATTAGTATCCGTGTTCGCATAACGATGGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
79	0	0	244	255	75M	*	0	0	AATTGAAGAGAGTGGCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCCACGGGGTCCGGTGTAAGTGTTTAGGGCACCCGCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
80	0	0	639	255	75M	*	0	0	TGCAGCGTTCTAAGTTCTCGACACCTCTGCTTCTTTAAGCTGGCCATTAACATGCTCTACTATCAACTGGGGGCG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
81	0	0	569	255	75M	*	0	0	GGCAGAATTATAAGATGCCCTTGTTACCCCAGGCGTCCAATGTTGCTAGTCCCGGACCCGAGCTGCCAGATGCAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
82	0	0	210	255	75M	*	0	0	AGAATATCGACGTCTGGCCCCCTTCGGGCGATCTCTTTGAAGAGAGTGTCAATGTCGTCGAAGGTCAAGACACCC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
83	0	0	819	255	75M	*	0	0	GTGGCATTGATAACGTTTCACGTTATCCAATTGGCTACATCCAGTTCGGTGTCCCTGGACCTGCCTATTAAAGGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
84	0	0	90	255	75M	*	0	0	GAAGCATAGACACCACCTATCACGGCAACACATCAATAAGTTAAGCTCTGCGCATTTCGCTGTCAATCCGCCATA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
85	0	0	54	255	75M	*	0	0	TAAGTTAAGCTCTGCGCATTTCGCTGTCATTCCGCCATAGGCAGCAAAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCCA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
86	0	0	8	255	75M	*	0	0	AAATCATACAATGGAGGTATCGCCCGCCACGATCATAGGGACTGTTATTAGAGGTAACGCTGTCCAAGGCGGCAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
87	0	0	696	255	75M	*	0	0	TACTATCAACTGGGGGCGCGACGGTTTTGCTAAGACGGCCATCGTTATGCGAACACGGATACAAATATGGCATAA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
88	0	0	903	255	75M	*	0	0	AAGCTACACTTACTTTTATAATATTTGTCCCAGAGCTTTGGATAGAGGCACAAGCGCAGCTCCTGAGAACGGCTC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
89	0	0	408	255	75M	*	0	0	CGCTGTCTAGTTACCCAATTATTACTCCTTCAGGGATCAAACGAACCGCAAATTTTTGGGTGCGCGTTTTGTCTT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
90	0	0	753	255	75M	*	0	0	GATACTAATATGGCATAAGCACATGGCTGTATTCTAATCTCAGGACTCAATGCCATTAGCATGGAAGCCTTTAAT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
91	0	0	585	255	75M	*	0	0	GCCCTTGTTACCCCAGGCGTCCAATGTTGCTAGTCCCGGACCCGAGCTGCCAGATGCAGCGTTCTAAGTTCTCGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
92	0	0	633	255	75M	*	0	0	CAGTTGATAGTAGAGCAAGTTAATGGCCAGCTTAAAGAAGCAGAGGTGTCGAGAACTTAGAACGCTGCATCTGGC	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
93	0	0	536	255	75M	*	0	0	CGTGTTCCGCTACCGCGAGAATACAAACCGCTAGGCAGAATTATAAGATGCCCTTGTTACCCCAGGCGTCCACTG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
94	0	0	716	255	75M	*	0	0	ATTAGAATACAGCCATGTGCTTATGCCATATTAGTATCCGTGTTCGCATAACGATGGCCGTCTTAGCAAAACCGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
95	0	0	926	255	75M	*	0	0	TAACAGCTCCCGTTCGACCGGTAAAGCTACACTTACTTTTATAATATTTTTACCAGAGCTTTGGATAGAGGCACA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
96	0	0	396	255	75M	*	0	0	ACCCAATTATTACTCCTTCAGGGATCAAACGAACCGCAAATTTTTGGGTGCGCGTTTTGTCTTCTGTTCGCTTAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
97	0	0	334	255	75M	*	0	0	TGAATCGAGCGTGCTACAAAGGGGAATAGCCAGAATAGCTTACTTCTACTCGGAAAGTGTCCCTAAGCGAACAGA	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
98	0	0	418	255	75M	*	0	0	GCGCACCCAAAAATTTGCGGTTCGTTTGATCCCTGAAGGAGTAATAATTGGGTAACTAGACAGCGACGCTCCTAG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
99	0	0	636	255	75M	*	0	0	AGATGCAGCGTTCTAAGTTCTCGACACCTCTGCTTCTTTAAGCTGGCCATTAACTTGCTCTACTATCAACTGGGG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
100	0	0	86	255	75M	*	0	0	TGCCTATGGCGGAATGACAGCGAAATGCGCAGAGCTTAACTTATTGATGTGTTGCCGTGATAGGTGGTGTCTATG	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
101	0	0	1	255	75M	*	0	0	AGATGTGCTGCCGCCTTGGACAGCGTTACCTCTAATAACAGTCCCTATGATCGTGGCGGGCGATACCTCCATTGT	555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555

This site is open source. Improve this page.